Em Twilight Princess, Link conta com um diverso arsenal de armas e outros utensílios presentes nos outros jogos da série, que ele poderá utilizar para atacar os inimigos ou passar pelos famosos quebra-cabeças (ou puzzles) presentes nos calabouços, que exigem raciocíno do jogador. O jogo foi feito para ter uma jogabilidade fácil e de livre uso entre os públicos de diversas idades. Outra característica marcante é a exploração do mapa principal, que é dividido em quatro províncias, Ordona Province, Faron Province, Eldin Province e Lanayru Province (nomes dos quatro espíritos protetores da luz que Zant amaldiçoa), além das áreas Great Desert e Snowpeak. É possível percorrer o mapa a pé, ou sobre a égua cujo nome você irá escolher no início do jogo (classicamente, é Epona).
O uso do WiiRemote foi muito bem resolvido, tanto nos momentos de batalha (em que se brande a espada e desfere-se golpes chacoalhando o controle, ou então mirando-o na tela para disparar com o etilingue, o arco e flecha, o bumerangue, etc) quanto nos momentos mais descontraídos (quando Link vai pescar, ou quando chama o auxílio de uma águia para alcançar itens distantes).
Apesar de não ser um jogo exatamente difícil na jogabilidade em geral (tanto na movimentação do personagem, quanto ao fato de ser fácil encontrar muitos corações e Rupees), é bastante desafiador em seus puzzles, proporcionando horas de jogatina "hardcore".